伝票にて、預り金を処理できない場合、以下の可能性について確認してみてください。

売上伝票以外を作成している。

預り金が取り込めるのは、売上伝票のみです。
見積書や社内処理では預り金を取り込むことができません。

預り金を登録するときに、【入金・預り】区分を【入金】で処理している。

入金画面で預り金を登録するとき、【入金・預り】区分では【預り金】を選択する必要があります。
【入金】では、通常の入金処理になってしまうため、伝票に取り込むことができなくなってしまいます。

預り金自動取込設定を【自動取込しない】にしている。

初期状態の場合、預り金を登録しておくと、売上伝票を作成するとき自動的に取り込まれます。
しかし、伝票の設定を変更することで、預り金の自動取込を停止することができます。

メインメニュー　→　【伝票】　→　【F5 基本 １】　→　【F2 切替】　→　【F10 設定】　→　【動作設定】

この場所で預り金の自動取込設定を変更することが可能です。
初期状態では【自動取込する】になっています。

預り金自動取込設定は【自動取込する】なのに、預り金が取り込まれない。

売上伝票を新規に作成していない場合、預り金の自動取込機能は働きません。

例えば、見積書などの既存データから売上伝票を作成する場合などは預り金は自動的に取り込まれません。

こういった時は、伝票の【F8 値引等 ４】の預り金にて、【預り金取込】を押すことで手動で預り金の取込を行うことができます。